Penggunaan satu disk untuk banyak pemakai, dalam waktu bersamaan akan mengakibatkan dokumen dan data tersimpan terputus-putus pada disk (fragment), yang mengakibatkan pembacaan file dan eksekusi program menjadi lambat.

Untuk menghindari kondisi ini dilaukan Defragment Disk,  secara berkala, misal setiap hari sabtu malam. 

Sebelum melakukan defragment disk, terlebih dahulu dilakukan scandisk, yaitu meluruskan susunan dan lokasi data pada disk.

Scandisk pada windows NT/2000, dilakukan dengan perintah 

Star |Run |ketik cmd |ENter , lalu menjalankan perintah :

chkdsk c: /f atau  chkdsk d: /f ,
tergantung jumlah partisi disk pada Citrix Server.

Kemudian melakukan shutdown & restart.
Setelah system nyala, dapat dilaukan Defragment Disk 

Defragment Disk dilakukan melalui menu

Start | Program |Diskeeper , 

kemudian memilih semua disk yang ada untuk dilakukan defragment

Biarkan proses defragment sampai selesai, dan selama proses defgragment dilakukan, tidak ada aplikasi lain atau pemakai lain bekerja.